میر سید فخرالدین، فرزند سید عبدالله و نوه سید غوث‌الدین، در سال ۱۳۲۲ هجری خورشیدی در محله‌ی بارانه شهر کهنه‌ی کابل به دنیا آمد. وی در خانواده‌ای معنوی و فرهنگی که ریشه در آموزه‌های صوفیانه داشت، پرورش یافت و از کودکی با ویژگی‌های برجسته‌ای چون ذکاوت و دقت در رفتار و گفتار شناخته شد. او آموزش های ابتدایی خود را در مکتب بیهقی و سپس در لیسه‌ی حبیبیه ادامه داد و پس از آن وارد کورس مستعجل توپ‌چی شد و به عنوان منصب‌دار در یکی از قطعات اردوی وقت مشغول به کار گردید.
میر فخرالدین پس از دو سال خدمت نظامی، تحصیلات خود را در رشته توپ‌چی‌گری زمینی در دانشگاه رزمی (حربی) ادامه داد و پس از اخذ دیپلم با درجه عالی، به عنوان ضابط اداری و استاد در دانشکده توپ‌چی مشغول به کار شد. در سال ۱۳۵۴ هجری خورشیدی، او با بورسیه رسمی به لنینگراد در شوروی رفت و سه‌ونیم سال در مقطع کارشناسی ارشد تحصیل کرد. اما به دلیل اختلاف فکری با حکومت وقت، از مسیر شغلی خود کنار گذاشته شد و پس از بازگشت به کابل، مدتی تحت نظارت امنیتی قرار گرفت. او پس از مدتی از خدمت نظامی کناره‌گیری کرد و به تجارت روی آورد.
هنر نعت‌خوانی در زندگی میرفخرالدین آغا همواره جایگاه ویژه‌ای داشت. وی در نوجوانی با راهنمایی پدربزرگ مادری‌اش، میرخیرالدین آغا، به نعت‌خوانی پرداخت. نعت‌خوانی برای او نه تنها ابراز ارادت به پیامبر اسلام (ص)، بلکه بخشی از زندگی معنوی و فرهنگی‌اش بود. وی در زیارت‌ها و محافل نعت‌خوانی با صدای دل‌نشین خود شناخته شد. میرفخرالدین همچنین به آموزه‌های مولانا علاقه‌مند بود و نخستین فردی بود که شش دفتر مثنوی معنوی را از طریق رادیوی افغانستان ثبت و پخش کرد. وی در محافل داخلی و بین‌المللی، از جمله در فرانسه، آلمان و انگلستان، به نعت‌خوانی و معرفی فرهنگ عرفانی افغانستان پرداخت.
میر فخرالدین آغا به تعلیم و آموزش نیز اهمیت ویژه‌ای می‌داد و جلسات آموزشی علوم دینی و عرفانی برای گروه‌های سنی مختلف برگزار می‌کرد. پس از مقابله با مشکلاتی چون تهدیدات امنیتی، ترک زادگاه و اسکان در مزارشریف و فقدان همسر، او همچنان به زندگی عزتمندانه خود ادامه داد و در کنار تربیت فرزندانش، به فعالیت‌های فرهنگی و معنوی ادامه داد.
میر فخرالدین آغا در سال‌های پایانی زندگی‌اش به سفرهای اروپایی رفت و در کنفرانس‌های فرهنگی مختلف نقش برجسته‌ای ایفا کرد. در نهایت، در ۲۷ ثور/اردیبهشت سال ۱۳۸۵ هجری خورشیدی در سن ۶۳ سالگی به دار باقی شتافت و پیگرش در صحن روضه مبارک حضرت علی در مزارشریف به خاک سپرده شد.
یاد و نام میرفخرالدین آغا همچنان در تاریخ فرهنگی و معنوی افغانستان و در دل مردم زنده است.
روحش شاد و یادش گرامی باد.
