خلیل‌الرحمن حنانی در ۱۲ اسد/مرداد سال ۱۳۳۶ هجری خورشیدی در روستای سنگانه ولایت پنجشیر، چشم به جهان گشود. او در حالی‌که در چهارسالگی پدرش را از دست داد، آموزش‌های ابتدایی را در مدارس سنتی و خصوصی فراگرفت و علاقه‌مندی‌اش به علوم دینی او را در سال ۱۳۵۳ روانه‌ی دارالعلوم عربی کابل ساخت.
با وقوع کودتای ثور در سال ۱۳۵۷ و شرایط دشوار کشور، تحصیلاتش ناتمام ماند و در سال ۱۳۵۹ ناگزیر به مهاجرت شد. او در پشاور اقامت گزید و در صف مبارزان جهاد علیه ارتش شوروی قرار گرفت.
پس از سال‌ها حضور در سنگرهای فکری و فرهنگی مهاجرت، در سال ۱۳۷۰ وارد دانشگاه بین‌المللی اسلام‌آباد شد و یک سال بعد برای ادامه‌ی تحصیل، به دانشگاه ام‌القری در مکه مکرمه راه یافت. در سال ۱۳۷۷ مدرک کارشناسی خود را در رشته‌ی قضا از دانشکده‌ی شرعیات این دانشگاه دریافت کرد و در سال ۱۳۸۱، دوره‌ی کارشناسی ارشد خود را در رشته‌ی «أصول فقه» به پایان رساند. در همین سال، به‌عنوان سکرتر اول و شارژدافیر و سپس مستشار وزیر مختار در سفارت افغانستان در شهر خرطوم، سودان، گماشته شد و به مدت سه سال و نیم در این سمت فعالیت کرد. در همین دوره، تحصیل در مقطع دکترا را نیز پی گرفت و در سال ۱۳۸۵، با دفاع از رساله‌اش در حوزه‌ی مطالعات اسلامی، مدرک دکترای خود را از دانشگاه النیلین سودان به‌دست آورد.
دکتر حنانی پس از بازگشت به کشور، از سال ۱۳۸۵ تا ۱۳۸۹ هجری خورشیدی در وزارت امور خارجه افغانستان به‌عنوان معاون مدیریت سیاسی دوم (کشورهای عربی و افریقایی) و سپس معاون مدیریت چهارم سیاسی (کشورهای اروپای شمالی و اتحادیه اروپا) ایفای وظیفه نمود. در سال ۱۳۸۹ هجری خورشیدی به‌عنوان جنرال قونسل افغانستان در شهر جده عربستان سعودی تعیین شد و تا سال ۱۳۹۳ در آن سمت باقی ماند.
دکتر حنانی از سال ۱۳۹۳ تا ۱۳۹۷ به‌عنوان معاون مرکز مطالعات استراتژیک وزارت امور خارجه فعالیت داشت و در سال‌های ۱۳۹۷ تا ۱۴۰۰ خورشیدی نیز مستشار وزیر مختار در سفارت افغانستان در کویت بود. در این دوره، در کنار فعالیت‌های دیپلماتیک، همچنان در پژوهش‌های دینی و اجتماعی حضور پر رنگی داشت. موصوف علاوه به انجام وظیفه در وزارت امور خارجه، به‌حیث کارمند رسمی، در دانشگاه طبی کابل، موسسه تحصیلات عالی مریم، دانشگاه سلام و دعوت به حیث استاد مضامین ثقافت اسلامی، تاریخ معاصر افغانستان، فقه احوال شخصی و نظام سیاسی اسلام، وظیفه انجام داده است.
پس از فروپاشی جمهوری اسلامی افغانستان در سال ۱۴۰۰ هجری خورشیدی و روی‌کار آمدن دوباره‌ی طالبان، دکتر حنانی مدتی را در ترکیه گذراند و سپس از اواخر سال ۱۴۰۱ به کشور کانادا مهاجرت کرد. او هم‌اکنون در آن کشور اقامت دارد و به فعالیت‌های علمی و پژوهشی ادامه می‌دهد.
دکتر حنانی افزون بر سابقه‌ی دیپلماتیک، در حوزه‌ی تألیف و پژوهش نیز کارنامه‌ای پربار دارد. از آثار برجسته‌ی او می‌توان به کتاب‌های زیر اشاره کرد:
چرا این‌همه هیاهو پیرامون احمدشاه مسعود؟ (پشاور، ۱۳۸۱)
زن افغان؛ از موقعیت شرعی تا واقعیت اجتماعی (ترجمه‌ی پایان‌نامه‌ی دکترا، کابل، ۱۳۸۶)
فقه احوال شخصی (کابل، ۱۳۹۶)
اصول فقه برای مکاتب دینی (دو جلد برای صنوف هشتم و نهم، منتشرشده در سال ۱۳۹۵ به سفارش وزارت معارف)
سیرت‌النبی (دو جلد، ۱۳۹۵)
نگاهی به کشور کویت (کابل، ۱۴۰۰)
ابوحنیفه؛ پیشوای آزادی و مدارا در اسلام (ترجمه‌ی فارسی، نشر مولانا، ۱۴۰۳)
طبقات فقهای حنفی (۱۴۰۴، نشر مولانا)
حوزه‌های پژوهشی و قلمی دکتر حنانی بیشتر شامل فقه، تاریخ اسلام، مطالعات اجتماعی، و اندیشه‌ی دینی معاصر می‌شود. آثار او از جمله منابع معتبر در آموزش، تحقیق و ترویج تفکر دینی معتدل در افغانستان و جوامع مهاجر فارسی‌زبان به‌شمار می‌آیند.
