محیی‌الدین مهدی در ۱۳ سنبله/شهریور سال ۱۳۳۴ هجری خورشیدی در یک خانوادهٔ اهل علم و ادب در ولایت بغلان زاده شد. آموزش‌های ابتدایی و متوسطه را در زادگاهش گذراند و سپس وارد دانشکدهٔ طب دانشگاه کابل گردید و در سال ۱۳۵۸ هجری خورشیدی از آنجا فارغ‌التحصیل شد. پس از خروج ارتش شوروی از افغانستان، در سال‌های ۱۳۷۰ تا ۱۳۷۲ هجری خورشیدی به ایالات متحده رفت و در دانشگاه بوستون، رشتهٔ صحت عامه را در مقطع کارشناسی ارشد دنبال نمود. پس از بازگشت به کشور و گذران دوره‌ای از مسئولیت‌های دولتی، دوباره مسیر تحصیلی‌اش را پی گرفت و به جمهوری تاجیکستان رفت. او از اواخر دههٔ ۱۳۸۰ نامزد اخذ درجهٔ دکترا در رشتهٔ تاریخ اکادمی علوم جمهوری تاجیکستان گردید.
از همان آغاز جوانی، علاقهٔ آقای مهدی به فرهنگ، زبان و ادبیات نمایان بود. او در کنار تحصیلات و مسئولیت‌های دولتی، پژوهش‌های گسترده‌ای در زمینهٔ تاریخ و زبان‌شناسی انجام داد و به‌تدریج به یکی از چهره‌های برجستهٔ فرهنگی افغانستان بدل شد. در دوران مقاومت، فعالیت‌های فرهنگی و رسانه‌ای او نقشی تعیین‌کننده داشت؛ از جمله مدیریت هفته‌نامهٔ همبستگی، فصلنامهٔ آمو و تأسیس خبرگزاری آریاپرس که برای رساندن اخبار افغانستان به جهان نقش کلیدی ایفا کرد. همچنین مسئولیت‌های رسانه‌ای متعددی چون مدیرمسئولی جریدهٔ شهر (۱۳۷۳–۱۳۷۵)، تأسیس جریدهٔ همبستگی (۱۳۷۷–۱۳۸۱)، عضویت در هیئت تحریر مجلهٔ آمو (۱۳۷۹–۱۳۸۰) و مدیرمسئولی مجلهٔ شورای متحد (۱۳۸۷–۱۳۸۹) را بر عهده داشت.
در عرصهٔ سیاسی، دکتر مهدی پس از هجوم قوای شوروی به صفوف جهاد پیوست و در کنار احمدشاه مسعود در امور فرهنگی و اجتماعی ایفای نقش کرد. طی سال‌های ۱۳۷۲ تا ۱۳۷۵ هجری خورشیدی، معاون وزارت پلان بود. پس از سقوط کابل به دست طالبان، به‌عنوان معاون سفارت افغانستان در تاجیکستان گماشته شد و همزمان سخنگوی جبههٔ مقاومت ملی به رهبری احمدشاه مسعود گردید. پس از سقوط طالبان و تشکیل دولت جدید، او به کشور بازگشت و به عضویت لویه‌جرگهٔ اضطراری و لویه‌جرگهٔ تصویب قانون اساسی انتخاب شد. او همچنین به تدریس زبان‌شناسی و تاریخ ادبیات در دانشکدهٔ زبان و ادبیات دانشگاه کابل پرداخت. سپس در سال‌های ۱۳۸۸ تا ۱۳۹۷ هجری خورشیدی نمایندهٔ مردم ولایت بغلان در مجلس نمایندگان افغانستان بود.
محیی‌الدین مهدی در کنار فعالیت‌های سیاسی، بیش از پنج دهه در گردآوری منابع علمی و ادبی کوشید و صاحب یکی از غنی‌ترین کتابخانه‌های شخصی افغانستان گردید که بیش از ۱۲ هزار جلد کتاب و نسخهٔ خطی در زمینه‌های تاریخ، ادبیات، فلسفه، علوم طبیعی و اجتماعی، زبان‌شناسی و فرهنگ‌نامه‌ها را در بر داشت.
دکتور محیی‌الدین مهدی تألیفات متعددی در زمینه‌های زبان‌شناسی، تاریخ، ادبیات و سیاست داشته است که شامل آثاری مانند جعل تاریخ و تاریخ جعل در افغانستان، تبار و زبان مردم هزاره، پنج رساله در زبان‌شناسی، دود چراغ (مجموعه مقالات ادبی و تاریخی)، عروض جدید فارسی، و ذکر افغان می‌باشد. او همچنین کتاب‌های درسی متعددی نظیر مبادی دستور زبان فارسی دری و نگاهی به تاریخ ادبیات فارسی دری در قرون ۷ و ۸ را نگاشته است. ترجمه‌های وی شامل آثاری همچون دستور زبان باختری و افغانستان از تأسیس تا امروز (از پروفیسور نظیف شهرانی) و حرف‌نگاری کتاب‌هایی مانند امام اعظم (از امام علی رحمان) می‌باشد. او همچنین با ویرایش آثاری چون دستور زبان معاصر دری (از مرحوم نسیم نکهت سعیدی) و چگونگی استیلای نظام قبیله‌سالاری (از مرحوم داکتر جلال‌الدین صدیقی) به غنای فرهنگی و علمی افغانستان افزوده است.
امروز داکتر محیی‌الدین مهدی به‌عنوان نویسنده و پژوهشگر معاصر افغانستان شناخته می‌شود و میراث فرهنگی و علمی او، چه در قالب آثار مکتوب و چه در قالب فعالیت‌های اجتماعی و فرهنگی و چه در زمینه‌ی تاریخ، جایگاهی ماندگار در تاریخ معاصر افغانستان یافته است.
