سید میرفخرالدین فرزند سید عبدالله و نواده‌ی سیدغوث الدین، در سال ۱۳۲۲ هجری خورشیدی در دودمان عارف و متصوفی در کوچه‌ی بارانه‌ی شهر کهنه کابل، زاده شد. اعضای خانواده اش از هوش و استعداد فوق‌العاده او از کودکی، وصف می‌کنند و این استعداد در تمام عمر در عملکرد و رفتار او متبلور بود. او را هم سید خوانده اند و هم میر. پدرش سید بود و پدرکلان مادری اش میر و به این ترتیب او با زاده شدن از پدر سید و بزرگ شدن در خانواده‌ی میر، هردو صفت روحانی را یدک می‌کشد. میرفخرالدین آغا، آموزش‌های ابتدایی را در مکتب ابتدائیه بیهقی فراگرفت و سپس برای ادامه‌ی آموزش شامل لیسه‌ی حبیبیه شد و تا پایان صنف دهم در آنجا آموزش دید. او جهت ادامه‌ی آموزش به بخش نظامی رو آورد و ابتدا در کورس مستعجل رشته‌ی توپچی به آموزش پرداخت و سپس در یکی از قطعات ارتش ایفای خدمت و پس از دو سال وارد دانشگاه حربی کابل گردید و رشته توپچی زمینی را انتخاب کرد و با دریافت دیپلم درجه ی عالی، به عنوان ضابط اداری در آن دانشگاه مشغول به کار شد و در نهایت به عنوان استاد توپچی در آنجا توظیف گردید. میر فخرالدین آغا، در سال ۱۳۵۴ هجری خورشیدی و همزمان با زمام‌داری سردار محمد داؤود خان، با سپری نمودن آزمون ورودی شامل دوره کارشناسی ارشد در بخش نظامی در دانشگاه لنینگراد شد و پس از گذشت سه و نیم سال به دلیل مخالفت با افکار و اندیشه‌ی حکومت وقت، طرد مسلک شد و به کشور بازگشت و همواره با کین حکومت وقت مواجه بود. او بدون اینکه کارت بازنشستگی دریافت کند، به پیشه‌ی آزاد رو آورد. شرح بیشتر در مستند
