سید ابوطالب مظفری در بیستم عقرب/آبان سال ۱۳۴۴ هجری خورشیدی در روستای باغچار ولسوالی خاص ولایت ارزگان، زاده شد. آموزش‌های ابتدایی خود را در زادگاهش به پایان برد و همزمان تحصیلات حوزوی را نیز آغاز کرد. پس از حملهٔ نظامی شوروی به افغانستان، در سال ۱۳۵۹ خورشیدی به کویته پاکستان پناه برد و سپس به ایران مهاجرت کرد. در سال ۱۳۶۱ هجری خورشیدی، برای ادامهٔ تحصیل وارد حوزه علمیهٔ خراسان در مشهد شد و از آن پس تا اکنون در آن شهر زندگی می‌کند.
سید ابوطالب مظفری در دوران طلبگی با تکیه بر استعداد ذاتی و علاقهٔ درونی، به سرودن شعر روی آورد و نخستین شعر خود را در سال ۱۳۶۴ هجری خورشیدی سرود. وی با تجربه‌های دوران انقلاب و جنگ، با احساسات و عواطف قوی و غنی، به شعر پناه برد. محیط ادبی و فرهنگی مشهد، از جمله حوزهٔ هنری، فرصتی مناسب برای او فراهم کرد تا با حضور در جلسات شعرخوانی و نقد، به تکامل دست یابد و ارتباط خود را با شاعران دیگر گسترش دهد.
مظفری از دغدغه‌های عمیق مذهبی، اجتماعی و سیاسی، مسائل آوارگی و نیز موضوعات شخصی و خانوادگی در آثارش بهره می‌برد. این دغدغه‌ها محورهای اصلی شعرهای وی را تشکیل می‌دهند. آثار او عبارتند از: سوگنامهٔ بلخ، عقاب چگونه می‌میرد، پایتخت پری‌ها، شعر مقاومت افغانستان، بیدارگر پارسا، شهریاری و شتربانی و تنباکوی تلخ وطنی.
مظفری از بنیان‌گذاران نشریات فرهنگی افغانستانی در ایران است. او فصلنامهٔ ادبی و فرهنگی دُرّ دری و خط سوم را به‌همراه جمعی از ادیبان و فرهنگیان افغانستان راه‌اندازی کرد و سردبیری این نشریات را بر عهده داشت. این نشریات تا شماره سیزدهم ادامه داشتند اما به دلیل نبود حمایت مالی متوقف شدند. همچنین وی به‌عنوان یکی از نمایندگان مهاجران افغانستانی مقیم ایران، در لویه جرگه شرکت کرد و در کنگره‌های ادبی مختلف به داوری پرداخت. مدیریت علمی دانشنامه هزاره نیز از کارهای اخیر وی است.
از سید ابوطالب مظفری در سال‌های اخیر تجلیل‌های متعددی به عمل آمده است؛ از جمله در سال ۱۳۹۷ خورشیدی، سازمان هنری رسانه‌ای اوج در تهران مراسم بزرگداشتی برای وی ترتیب داد که با حضور شاعران و اهالی ادب از افغانستان و ایران همراه بود. همچنین در کابل و در حلقهٔ پردیس از کارنامهٔ ادبی او تقدیر شد.
