محمدابراهیم خلیل در سال ۱۲۷۴ هجری خورشیدی در گذر قاضی فیض‌الله شهر کابل دیده به جهان گشود. پدرش، میرزا فضل‌احمد، از خوشنویسان و کارگزاران اداری روزگار خود بود و نسب خانوادگی آنان به شیخ احمد جام ژنده‌پیل می‌رسد. خلیل در خانواده‌ی فرهنگی و مذهبی پرورش یافت و از کودکی با علوم دینی، ادبیات و هنر خوشنویسی آشنا شد.
دورهٔ آموزش مکتب را در کابل به پایان رساند. افزون بر آموزش‌های رسمی، هنر خوشنویسی، اصول دفترداری و حسابداری را نزد پدرش فراگرفت. مطالعهٔ آثار شاعران کلاسیک و آشنایی با میراث عرفانی خراسان در شکل‌گیری اندیشه و ذوق ادبی خلیل تأثیر گذاشت. در سرایش شعر، به‌ویژه غزل و مخمس، مهارت داشت و به بدیهه‌سرایی نیز معروف بود. سروده‌های او بیشتر درون‌مایه‌های عاشقانه، عرفانی، اخلاقی، میهن‌دوستانه و انسانی دارند. زندگی ساده و گرایش‌های زاهدانهٔ او نیز در اندیشه و آثارش بازتاب یافته اند.
از آثار محمدابراهیم خلیل می‌توان به «دیوان خلیل»، «یک مرد بزرگ» دربارهٔ زندگی شیخ سعدالدین احمد انصاری کابلی، «رهنمای خط»، «استخراج تاریخ»، «مزارات و اماکن مقدسه»، «رهنمای حج بیت‌الله»، «شرح حال امیر خسرو دهلوی»، «حالات سلطان ابراهیم ادهم» و «شرح حال حاجی صاحب پای منار» اشاره کرد. «رهنمای خط» از آثار آموزشی او در زمینهٔ خوشنویسی است و «استخراج تاریخ» را به نظم نوشته بود. او همچنین مقاله‌های فراوانی در زمینه‌های ادبی، تاریخی و پژوهشی در نشریات مختلف منتشر کرد. «گل‌فروش» از سروده‌های شناخته‌شدهٔ او است که با الهام از مشاهداتش در سفر اروپا سرود. دیوان اشعار او نیز در زمان حیاتش به چاپ رسید و مجموعه‌ای از غزل‌ها، مخمس‌ها و دیگر سروده‌هایش را در بر گرفته است.
محمدابراهیم خلیل پس از پایان آموزش‌های خود وارد خدمات دولتی شد و مدتی در وزارت امور خارجه کار کرد. سپس در نمایندگی‌های دیپلماتیک افغانستان در هند و بریتانیا به انجام وظیفه پرداخت.
در دورهٔ صدارت محمدهاشم خان، خلیل در پی اتهامی بازداشت شد و بدون محاکمه نزدیک به ده سال را در زندان سپری کرد. با وجود دشواری‌های زندان، از فعالیت‌های علمی و ادبی دست نکشید و در کنار مطالعه و نگارش، به شماری از زندانیان علوم دینی آموزش داد. پس از رهایی از زندان، بار دیگر به فعالیت‌های فرهنگی و پژوهشی روی آورد. در ریاست مطبوعات و انجمن تاریخ فعالیت کرد و مسؤولیت‌هایی نیز در مجلهٔ «آریانا» بر عهده داشت. در این دوره، بخش مهمی از کوشش‌های خود را به پژوهش دربارهٔ تاریخ، ادبیات، شخصیت‌های فرهنگی و میراث علمی و عرفانی خراسان اختصاص داد. نوشته‌های او در زمینهٔ شرح احوال شاعران، عارفان و شخصیت‌های تاریخی، از فعالیت‌های مهم پژوهشی او به شمار می‌رفتند.
خلیل افزون بر نویسندگی و پژوهش، در هنر خوشنویسی نیز جایگاه شناخته‌شده‌ای به دست آورد. بر خطوط نستعلیق و شکسته تسلط داشت و توانایی‌اش در شعر و خوشنویسی، توجه شماری از ادیبان و سخنوران هم‌روزگارش را برانگیخت. استاد خلیل‌الله خلیلی، ملک‌الشعرا بیتاب و علامه صلاح‌الدین سلجوقی از جمله شخصیت‌هایی بودند که به دانش و توانایی ادبی او ارج می‌گذاشتند.
سال‌های پایانی زندگی محمدابراهیم خلیل با دشواری‌های خانوادگی و جسمی همراه بود. درگذشت فرزندش، محمدطاهر، اندوه بزرگی بر زندگی او سایه افکند و در سال‌های بعد بینایی خود را نیز از دست داد. با این همه، پیوند او با ادبیات، عرفان و اندیشه تا پایان زندگی پابرجا ماند.
محمدابراهیم خلیل سرانجام در ۱۷ میزان/مهر سال ۱۳۶۶ هجری خورشیدی در کابل درگذشت.
روانش شاد و یادش گرامی باد
