خلیلالله افضلی، در ۶ سرطان/تیر سال ۱۳۶۲ هجری خورشیدی در تربت جامِ ایران متولد شد. دورهٔ آموزش مکتب را در ایران و افغانستان به پایان رساند و سپس دورهٔ کارشناسی زبان و ادبیات فارسی را در دانشگاه کابل به پایان رساند و مدرک کارشناسی ارشد و دکتری خود را نیز در همین رشته، از دانشگاه فردوسی مشهد کسب کرد.
آقای افضلی با بهرهگیری از فضای فرهنگی خانواده و حضور در محافل ادبی و فرهنگی افغانستان و ایران، به ادبیات فارسی، تاریخ، نسخهشناسی و میراث فرهنگی گرایش پیدا کرد. پژوهشهای او عمدتاً بر تاریخ فرهنگی افغانستان، نسخههای خطی، میراث مکتوب، تاریخ محلی و بیدلپژوهی متمرکز است و در این حوزهها آثار و پژوهشهای متعددی ارائه کرده است.
از خلیلالله افضلی تاکنون دو کتاب دربارۀ وضعیت اجتماعی و فرهنگی هرات در دورۀ معاصر و همچنین کتاب «طرز بیدلی» منتشر شده و بیش از چهل مقالهٔ علمی و پژوهشی نیز از وی در نشریات معتبر افغانستان، ایران و دیگر کشورها به چاپ رسیده است. پژوهشهای او بیشتر در حوزههای ادبیات فارسی، تاریخ فرهنگی، نسخهشناسی، میراث فرهنگی و مطالعات هرات را در بر میگیرند و از منابع پژوهشی این عرصه به شمار میروند.
افضلی در سال ۱۳۹۴ هجری خورشیدی مؤسسهٔ پژوهشی بایسنغر را در هرات بنیان نهاد. این مؤسسه تاکنون نزدیک به سی عنوان اثر پژوهشی در زمینههای ادبیات، تاریخ، هنر و قومشناسی منتشر کرده است.
آقای افضلی از سال ۱۴۰۱ هجری خورشیدی بهعنوان استادیار مهمان در دانشگاه کالیفرنیا، لسآنجلس (UCLA) در ایالات متحدهٔ امریکا، مشغول کار است. او در کتابخانهٔ این دانشگاه، که دومین مجموعهٔ بزرگ نسخههای خطی فارسی و عربی در ایالات متحدهٔ امریکا را در اختیار دارد، در زمینهٔ فهرستنویسی، معرفی و شناسایی نسخههای خطی فعالیت میکند. بخش مهمی از پژوهشهای او در این دوره به فهرستنگاری مجموعهٔ ارزشمند نسخههای خطی دکتر کارو میناسیان، پزشک و مجموعهدار ارمنی اصفهانی، اختصاص یافته است.
